Creo que he encontrado la aplicación que hacía mucho que buscaba: yEd.

yEd es un editor de diagramas al estilo Visio que nos permite realizar gráficos de gran calidad y en varias plataformas: Mac, Linux y Windows y gratuito.

Os recomiendo que reviseis el vídeo:

y que me conteis que tal, pero creo que yo lo tengo claro.

Enjoy!!!