Algunos HDs los he pasado a flac para mantener la calidad de los mismos, pero para escuchar la música con el iPod lo he pasado a mp3.

Para ello he instalado la aplicación flac (apt-get install flac) y la aplicación lame (apt-get install lame).

Con estas dos aplicaciones y el script:

for file in *.flac; do $(flac -cd "$file" | lame -h - "${file%.flac}.mp3"); done

que he llamado flac2mp3 se convertierten los ficheros de una forma perfecta.

Para mas info: Converting flac to mp3